COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 14.854013 14.854013 15.353172
2021-01-27 17:00:00 17.223449 15.232121 15.334990
2021-01-26 17:00:00 14.387580 14.387580 15.306406
2021-01-25 17:00:00 16.812960 16.812960 15.438197
2021-01-24 17:00:00 15.241753 15.241753 15.616339
2021-01-23 17:00:00 15.232121 15.232121 15.830558
2021-01-22 17:00:00 16.586369 16.586369 16.102736

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 9.763206 9.763206 5.203919
2021-01-27 17:00:00 13.005671 13.005671 5.011768
2021-01-26 17:00:00 3.870639 3.870639 4.919422
2021-01-25 17:00:00 1.579670 1.579670 4.842437
2021-01-24 17:00:00 4.072171 4.072171 4.970434
2021-01-23 17:00:00 4.139352 4.139352 5.074488
2021-01-22 17:00:00 6.028436 6.028436 5.286773

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 13.548387 13.548387 19.306048
2021-01-27 17:00:00 21.764706 21.764706 19.048736
2021-01-26 17:00:00 17.956656 17.956656 18.969343
2021-01-25 17:00:00 29.831933 29.831933 18.873213
2021-01-24 17:00:00 17.777778 17.777778 18.781901
2021-01-23 17:00:00 12.016293 19.032258 19.113944
2021-01-22 17:00:00 15.178571 15.178571 19.146869

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 10.697839 10.697839 11.255287
2021-01-27 17:00:00 9.283445 9.283445 11.437075
2021-01-26 17:00:00 12.782369 12.782369 11.418023
2021-01-25 17:00:00 24.909747 8.793543 11.652594
2021-01-24 17:00:00 11.587040 11.587040 11.983052
2021-01-23 17:00:00 14.607558 14.607558 12.077873
2021-01-22 17:00:00 13.435560 13.435560 12.430844

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 10.939843 10.939843 12.782994
2021-01-27 17:00:00 11.926698 11.926698 12.613973
2021-01-26 17:00:00 22.086445 22.086445 12.834222
2021-01-25 17:00:00 20.822977 20.822977 13.128909
2021-01-24 17:00:00 9.525082 9.525082 12.914038
2021-01-23 17:00:00 10.037532 10.037532 12.743083
2021-01-22 17:00:00 24.064404 24.064404 12.705441

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 17.187500 31.724138 29.755260
2021-01-27 17:00:00 23.868632 23.868632 29.371179
2021-01-26 17:00:00 32.021928 32.021928 29.206353
2021-01-25 17:00:00 37.403599 37.403599 28.943038
2021-01-24 17:00:00 22.874456 22.874456 28.954660
2021-01-23 17:00:00 33.710757 33.710757 29.230562
2021-01-22 17:00:00 32.942040 32.942040 29.703205

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 24.053953 24.053953 17.537449
2021-01-27 17:00:00 17.288336 17.288336 17.580227
2021-01-26 17:00:00 14.998219 14.998219 16.994912
2021-01-25 17:00:00 19.977925 19.977925 16.812973
2021-01-24 17:00:00 21.112040 21.112040 16.697110
2021-01-23 17:00:00 17.207299 17.207299 17.040641
2021-01-22 17:00:00 9.385382 9.385382 17.452625

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 6.475927 7.758938 7.114763
2021-01-27 17:00:00 8.497396 8.497396 7.151116
2021-01-26 17:00:00 6.182684 6.182684 7.161828
2021-01-25 17:00:00 8.088848 5.381773 7.409384
2021-01-24 17:00:00 8.335307 6.602889 7.639646
2021-01-23 17:00:00 7.986453 7.986453 7.797210
2021-01-22 17:00:00 6.955621 6.955621 8.174896

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 12.674617 9.608177 10.612646
2021-01-27 17:00:00 10.000000 10.000000 10.705266
2021-01-26 17:00:00 9.045394 9.045394 10.545175
2021-01-25 17:00:00 14.682184 10.272934 10.827861
2021-01-24 17:00:00 15.404837 15.404837 10.993521
2021-01-23 17:00:00 12.427023 12.427023 11.192324
2021-01-22 17:00:00 11.558346 11.558346 11.313221

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 23.845731 23.845731 23.436169
2021-01-27 17:00:00 23.734603 23.734603 23.185560
2021-01-26 17:00:00 28.107861 28.107861 22.992945
2021-01-25 17:00:00 23.604263 23.604263 22.872120
2021-01-24 17:00:00 21.056662 21.056662 22.734895
2021-01-23 17:00:00 21.044694 21.044694 22.724392
2021-01-22 17:00:00 22.700023 22.700023 22.724949

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 15.148305 15.148305 13.425470
2021-01-27 17:00:00 14.116934 14.116934 12.858247
2021-01-26 17:00:00 11.456693 11.456693 12.715002
2021-01-25 17:00:00 10.741139 22.395274 12.443883
2021-01-24 17:00:00 17.106549 17.106549 12.162149
2021-01-23 17:00:00 9.026830 9.026830 11.933705
2021-01-22 17:00:00 9.898075 9.898075 11.945187

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 10.627401 10.627401 8.318256
2021-01-27 17:00:00 7.563025 7.563025 8.152247
2021-01-26 17:00:00 3.398058 3.398058 8.015860
2021-01-25 17:00:00 8.048290 8.048290 8.019254
2021-01-24 17:00:00 10.334347 10.334347 8.121213
2021-01-23 17:00:00 6.906475 6.906475 8.272877
2021-01-22 17:00:00 9.421488 9.421488 8.250193

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 78.382148 78.382148 85.117994
2021-01-27 17:00:00 70.801034 70.801034 84.009999
2021-01-26 17:00:00 157.464789 157.464789 84.993991
2021-01-25 17:00:00 56.980057 145.299145 83.291137
2021-01-24 17:00:00 52.484076 52.484076 80.003688
2021-01-23 17:00:00 73.600000 73.600000 78.864298
2021-01-22 17:00:00 98.076923 98.076923 77.557485

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 67.868852 67.868852 55.883937
2021-01-27 17:00:00 86.738351 86.738351 56.986441
2021-01-26 17:00:00 39.949109 39.949109 56.193119
2021-01-25 17:00:00 29.090909 53.420195 55.092280
2021-01-24 17:00:00 42.810458 42.810458 54.295981
2021-01-23 17:00:00 62.866450 62.866450 54.359396
2021-01-22 17:00:00 48.118280 48.118280 54.255453

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 15.974729 15.974729 16.154474
2021-01-27 17:00:00 15.435232 15.435232 16.217267
2021-01-26 17:00:00 12.671889 12.671889 16.044565
2021-01-25 17:00:00 20.442930 20.442930 16.115772
2021-01-24 17:00:00 16.747835 16.747835 16.272235
2021-01-23 17:00:00 16.230823 16.230823 16.252460
2021-01-22 17:00:00 21.937984 21.937984 16.344227

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 30.588546 30.588546 30.868959
2021-01-27 17:00:00 29.653680 29.653680 30.774272
2021-01-26 17:00:00 19.046708 26.417098 30.308378
2021-01-25 17:00:00 19.049881 27.190171 30.093701
2021-01-24 17:00:00 68.781543 68.781543 29.700298
2021-01-23 17:00:00 28.408775 28.408775 29.458077
2021-01-22 17:00:00 27.190171 27.190171 28.840479

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 8.722856 8.722856 7.770708
2021-01-27 17:00:00 8.091554 8.091554 7.655686
2021-01-26 17:00:00 5.086620 5.086620 7.482463
2021-01-25 17:00:00 11.694915 11.694915 7.617741
2021-01-24 17:00:00 7.836991 7.836991 7.555693
2021-01-23 17:00:00 8.451327 8.451327 7.524882
2021-01-22 17:00:00 7.272727 7.272727 7.699223

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 15.159372 15.159372 16.771019
2021-01-27 17:00:00 15.301890 15.301890 17.389518
2021-01-26 17:00:00 16.253351 16.253351 18.163934
2021-01-25 17:00:00 16.993088 14.829088 18.671722
2021-01-24 17:00:00 20.212520 14.822971 19.373491
2021-01-23 17:00:00 20.241217 20.241217 20.352393
2021-01-22 17:00:00 22.238634 22.238634 21.358845

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 8.790586 10.818356 8.530243
2021-01-27 17:00:00 7.273254 8.864559 8.479658
2021-01-26 17:00:00 6.432422 6.432422 8.339664
2021-01-25 17:00:00 13.422392 7.560014 8.401845
2021-01-24 17:00:00 9.070529 9.070529 8.384520
2021-01-23 17:00:00 8.525988 8.525988 8.386674
2021-01-22 17:00:00 7.575490 7.575490 8.552932

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 29.496403 29.496403 24.379057
2021-01-27 17:00:00 23.029967 22.861711 24.169439
2021-01-26 17:00:00 18.771331 22.159549 23.787958
2021-01-25 17:00:00 38.150289 22.502031 22.956441
2021-01-24 17:00:00 21.147260 21.147260 22.397662
2021-01-23 17:00:00 28.400342 28.400342 21.998023
2021-01-22 17:00:00 26.637555 26.637555 21.682816

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 8.247423 8.247423 15.001271
2021-01-27 17:00:00 18.888889 18.888889 15.425112
2021-01-26 17:00:00 1.941748 1.941748 16.060166
2021-01-25 17:00:00 11.267606 11.267606 16.529184
2021-01-24 17:00:00 23.287671 23.287671 17.497353
2021-01-23 17:00:00 10.416667 35.416667 18.704279
2021-01-22 17:00:00 23.170732 23.170732 19.734831

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-28 17:00:00 20.837887 20.837887 29.617090
2021-01-27 17:00:00 57.071070 34.208731 30.523554
2021-01-26 17:00:00 27.028986 27.028986 30.948480
2021-01-25 17:00:00 37.694484 18.178718 32.051146
2021-01-24 17:00:00 39.899833 39.899833 33.513734
2021-01-23 17:00:00 35.129604 35.129604 35.476681
2021-01-22 17:00:00 38.238110 38.238110 35.971388

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.763206 9.763206 5.203919
Basilicata 13.548387 13.548387 19.306048
Calabria 10.697839 10.697839 11.255287
Campania 10.939843 10.939843 12.782994
Emilia-Romagna 17.187500 31.724138 29.755260
Friuli Venezia Giulia 24.053953 24.053953 17.537449
Lazio 6.475927 7.758938 7.114763
Liguria 12.674617 9.608177 10.612646
Lombardia 23.845731 23.845731 23.436169
Marche 15.148305 15.148305 13.425470
Molise 10.627401 10.627401 8.318256
P.A. Bolzano 78.382148 78.382148 85.117994
P.A. Trento 67.868852 67.868852 55.883937
Piemonte 15.974729 15.974729 16.154474
Puglia 30.588546 30.588546 30.868959
Sardegna 8.722856 8.722856 7.770708
Sicilia 15.159372 15.159372 16.771019
Toscana 8.790586 10.818356 8.530243
Umbria 29.496403 29.496403 24.379057
Valle d'Aosta 8.247423 8.247423 15.001271
Veneto 20.837887 20.837887 29.617090

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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